黄萎病是棉花的主要病害，没有有效的防治方法，被称为“棉花的癌症”，严重影响棉花产量和品质。抗病育种无疑是防治黄萎病最经济、最环保和最有效的手段，但由于对棉花抗病机理认识不清，加上现有栽培品种中抗源缺乏,棉花抗黄萎病育种一直难以突破。深入研究棉花抗黄萎病机理、克隆抗病基因仍是目前努力的方向。本研究从接菌诱导入手,采用SSH技术从转录组水平探讨了陆地棉基因的差异表达；采用2-DE技术从蛋白质组水平探讨了栽培棉近缘野生种瑟伯氏棉的蛋白差异表达，并以此为基础克隆了7个抗病相关基因。尤其对野生棉的研究，拓展了陆地棉抗源，为棉花抗病分子育种提供了新的候选基因，这将有利于从新的视角加深对棉花抗黄萎病机理的认识。