以航行中的研究船而言，於海洋環境中應用渦流協變性系統進行大氣和海面各項通量觀測時，需考慮到四種干擾因素，包括：（1）海水波浪所造成的受壓項（wave stress）及載體所引起之晃動及搖動變形量（flow distortion）造成之三維風向誤差；（2）研究船排放煙流，致使CO2濃度受到煙囪飆高的情況；（3）不同架設位置，因船體桿子影響致感受到不一致性的風速風向，風場氣動相渦流干擾，對所計算之通量量測結果有所誤差存在；（4）此外還要考慮開放式儀器會受到環境因素的干擾，如海水、海鹽對於紅外線氣體分析儀所造成的偵測誤差，也都會使資料的可用率及正確率下降。本研究中分析三個海洋上的通量及氣象觀測實驗，分別在2009年9月、2010年3月與2010年4月於西太平洋、南海及台灣海峽進行，探討海研船渦流協變性系統於船頭不同架設高度及不同架設位置之觀測差異情況，以及找尋海研船進行通量之觀測所遇到各種干擾項，進而找出干擾較少適合於海研船上架設觀測位置點。