馬纓丹原生於中南美洲，在全世界已成為著名的侵略性雜草，多年來各學者對於臺灣地區馴化的馬纓丹記載描述不少，本研究收集了44個馬纓丹樣本，其中包括39個野生個體及5個園藝栽培種。利用TLC、HPLC定性分析、分光光度計及核磁共振儀，分析這些植物花冠內次級代謝物花青素的組成。結果得知除了白花馬纓丹無花青素之外，43個馬纓丹樣本中，共測得A1~A6等6種主要花青素，已確定A1~A5的結構分別為cyanidin 3-glucoside、cyanidin 3,5-diglucoside、cyanidin 3- malonylglucoside等3種矢車菊類型色素，以及 peonidin 3,5- diglucoside 、peonidin 3-malonylglucoside等2種芍藥類型色素。依該A1~A6各種花青素含量百分率的平均比例可以將其區分為第一型：A2：A4：A5 (5：45：48)、第二型：A2：A4：A6 (23：42：3 或40：18：4)、第三型：A1：A3：A4 (35：28：4)及第四型：A2：A4 (18：84)等4類群。其中園藝栽培種與馴化野生者之間有顯著差異，而野生個體花冠內的花青素較為多樣。研究結果可作為探討臺灣地區馬纓丹屬植物間親緣關係的依據。