凝聚态软物质材料在工业领域和日常生活中的应用非常广泛。大多数软物质体系尺寸介于原子尺度和宏观尺度之间，存在涨落、布朗运动以及自组装行为。聚合物和两亲分子体系是软物质研究的重点，其中聚合物的玻璃化转变、结晶、溶剂化以及两亲分子的自组装一直是软物质物理关注的几大学术问题。软物质体系通常都涉及多体相互作用，由于体系中焓和熵之间非常微妙的相互影响，需要从分子或原子尺度研究其细节。随着计算技术的发展，利用数值算法及合理的物理模型，对较复杂体系中每个分子或原子的运动进行跟踪，在计算机上就可以重复并预报物理过程。本文利用分子动力学模拟结合理论及实验结果从分子、原子尺度研究了软物质物理中的一些前沿问题，并且通过实例介绍了分子动力学模拟的基本原理。