环境问题一直是世界各国普遍关注的焦点，在中国环境污染问题更是瞩目，尤其是当前水资源污染形势已经相当严峻。湖泊由于封闭性及自净能力有限，容易发生污染事件，大量的蓝藻爆发和重金属污染已带来严重的影响—破坏湖泊水体生态系统，影响附近居民生活，阻碍当地经济发展。往往湖泊流域为两个或以上行政区所共有，在污染治理中经常发生多个行政区之间的跨界纠纷问题。正因为以上湖泊污染的巨大危害性和跨行政区管理的复杂性，本文讨论和研究了跨界湖泊污染治理方案。 目前国家对各区域的政绩评价考核还是单纯以GDP为主，忽略对环境造成的影响。实践中，流域污染治理通常是基于政府行政命令下的单独治理方式；理论中，区域污染治理多是基于污染治理成本提出污染治理对策，以及如何实现合作中的利益分配问题。基于以上原因，本文提出基于区域合作视角下，发挥市场机制并考虑环境保护成本的跨界湖泊污染治理方案。