本文针对蛋白质组学研究对低丰度蛋白质和多肽检测的需求，分别发展了基于化学蛋白质组学技术的功能性低丰度蛋白质预富集方法和基于高度有序 介孔材料的低丰度内源性多肽预富集方法。建立了一种基于在线亲和色谱系统的化学蛋白质组学分析平台。合成了固定化对氨基苯甲脒亲和基质，并将其用于人血浆中胰蛋白酶相关丝氨酸蛋白酶的选择性富集和蛋白质组学分析。利用优化的化学蛋白质组学技术实现了对K562癌症细胞中阿霉素耐药性相关蛋白质的选择性富集和大规模蛋白质组学鉴定。利用基于异戊烯链状结构的光反应活性化学探针实现了对酵母细胞中异戊烯链相互作用蛋白质的选择性富集和大规模蛋白质组学鉴定。首次采用高度有序介孔材料实现了对人血浆中内源性多肽组分的高选择性富集和大规模鉴定。通过化学改性将该材料分别 修饰以强阳离子和强阴离子交换基团，进一步提高了材料对内源性多肽的富集选择性和富集容量。