知識產權法理論研究中隱藏著深刻的體系基礎認同分歧，集中體現為知識產權固有的意義感喪失，並具體表現為知識產權的基本原則異動、方向感喪失、基礎概念分歧，以及工具主義流行等情形。而其產生有著自身和時代的原因。知識產權研究需要正確的認識論和方法論作為科學理性的保障，而知識產權的復雜性及其研究的現狀，彰顯系統科學這種復雜性思維對於科學理性保障的必要性和重要性。知識產權與系統科學之間存在天然血親關系和同質性。 對於知識產權對象正確界定的關鍵是在“關系”意義上正確認知其本質，知識作為權利對象的本質是“信息有序組合”。知識產權制度對於創造性要求，有其必然性、實然性和應然性。知識產權的私權性質，只有在有機整體觀上才能得到正確的理解。 就知識產權制度而言，其正義與否之間的對立尖銳性在系統觀的基礎之上將被削減，這是一種超越“工具主義”的解讀。應在剖析財產權勞動理論、人格理論和激勵論的傳統內容的基礎上，補充以系統觀為基礎和核心的理論內涵。 總之，將系統科學方法引入知識產權研究，突出了系統科學與知識產權之間的天然血親關系對於知識產權研究的直接指導意義，克服機械整體觀的局限，契合“面向主體和科學”的哲學思想朝向，可為知識產權“認同何以可能”提供一種解決方案。